Po 1917 m. Spalio revoliucijos Rusijoje valdžią paėmus komunistams, kunigų sielovadinei veiklai imta visaip trukdyti. 1923 m. kun. T. Matulionis kartu su vyskupu Jonu Ciepliaku ir 15 kitų Peterburgo kunigų nuteisiamas trejus metus kalėti. Kun. Teofilių pasodino į Maskvos kalėjimą. Sutrumpinus bausmės laiką, kun. Teofilius 1925 m. grįžo į Peterburgą tęsti sielovadinio darbo, buvo paskirtas ir Mogiliovo katedros kapitulos nariu – kanauninku.
1928 m. gruodžio 8 d. popiežius Pijus XI nominavo kan. Teofilių Matulionį tituliniu Matregos vyskupu ir Mogiliovo arkivyskupijos apaštalinio administratoriaus vysk. Antano Maleckio pagalbininku. 1929 m. vasario 9 d. vyskupas A. Maleckis Peterburgo Švč. Marijos Širdies bažnyčioje dalyvaujant dviem liudytojams slapta konsekravo T. Matulionį vyskupu.
Tais pačiais metais sovietų valdžia vysk. Teofilių vėl areštavo ir ištrėmė į Solovkų salas (Baltojoje jūroje). Čia jau įkalinti 34 kunigai buvo sudarę savo „komuną“ (bendruomenę) ir išsirinko vysk. Teofilių savo vyresniuoju. Šiam faktui paaiškėjus, jį iš Solovkų perkėlė į Peterburgo kalėjimą ir uždarė griežčiausio režimo vienutėje. Paskui išsiuntė į Ledianoje Pole vietovę (Ledo Laukas, prie Ladogos ežero) dirbti sunkiausių darbų – kirsti miško. Alinantis darbas, šaltis, drėgmė ir prastas maistas pakirto jo sveikatą. 1933 m. vysk. Teofilių perkėlė į Maskvos kalėjimą.
Lietuvos ir Sovietų Sąjungos vyriausybėms susitarus pasikeisti kaliniais, vysk. T. Matulionis kartu su grupe kitų kalinių buvo išleistas ir grįžo į Lietuvą. Vos kirtus SSRS sieną ir atvykus į Latviją paaiškėjo, jog T. Matulionis – vyskupas. To nežinojo nei kalėjimo viršininkai, nei kameros draugai.
1934 m. lankėsi Romoje, dalyvavo šv. Jono Bosko kanonizacijos iškilmėse ir audiencijoje pas popiežių Pijų XI, apie vysk. Teofilių taip pasakiusį: „Garbė lietuvių tautai, davusiai tokį didvyrį.“
Atsižvelgdamas į lietuvių išeivių prašymą, vysk. Teofilius nuvyko susitikti su JAV lietuvių bendruomenėmis. Grįždamas (1936 m.) aplankė Egiptą ir Šventąją Žemę.
Parvažiavęs į Lietuvą apsigyveno prie seserų benediktinių vienuolyno Laikinojoje sostinėje, talkino Kauno arkivyskupui Juozapui Skvireckui pastoracijos darbuose, ėjo šios arkivyskupijos oficiolo bei Lietuvos kariuomenės vyriausiojo kapeliono pareigas. Įvedė nuolatinę Švč. Sakramento adoraciją Šv. Mikalojaus bažnyčioje Kaune, rūpinosi misijomis.
1943 m. mirus Kaišiadorių vyskupui Juozapui Kuktai, vysk. T. Matulionis paskiriamas Kaišiadorių vyskupijos ordinaru. Jis gynė Bažnyčios teises prieš vokiečių okupacinę valdžią, o artėjant frontui ragino kunigus likti savo tarnystės vietose.
1946 m. vysk. Teofilius buvo areštuotas, nes nesutiko bendradarbiauti su sovietine valdžia. Pradžioje buvo įkalintas Oršoje, vėliau – Vladimire, galiausiai atsidūrė Mordovijos invalidų namuose.
1956 m. vysk. Teofiliui leista grįžti į Lietuvą. Apsigyveno Birštono klebonijoje pas kun. Joną Jonį, artimą bičiulį bei pagalbininką, ir perėmė vyskupijos valdymą iš kan. Juozapo Stankevičiaus.
Negavęs sovietinės valdžios pritarimo, bet turėdamas Apaštalų Sosto leidimą, vysk. Teofilius 1957 m. gruodžio 25 d. slapta konsekravo vyskupu Vincentą Sladkevičių. Sėl to susilaukė valdžios nemalonės. 1958 m. vysk. Teofilių prievarta apgyvendino Šeduvoje (Radviliškio r.). 1962 m. Apaštalų Sostas jam „už pagirtiną tvirtumą einant gerojo ganytojo pareigas“ suteikė arkivyskupo titulą.
1962 m. rugpjūčio 20 d. arkivyskupas Teofilius Matulionis mirė. Palaidotas Kaišiadorių katedros kriptoje.
2017 m. birželio 25 d. arkivyskupas Teofilius Matulionis paskelbtas palaimintuoju.
