Vienas iš popiežiaus apaštališkosios kelionės Lietuvoje kulmincinių įvykių buvo jo apsilankymas Vilniuje buvusio KGB kalėjimo mirtininkų celėje, vadinamojoje Trečiojoje mirties nuosprendžių vykdymo patalpoje. Joje mirties bausmė įvykdyta vyskupui Vincentui Borisevičiui, kaip ir daugeliui kitų nekaltų Lietuvos žmonių. Šventąjį Tėvą Okupacijų ir laisvės kovų muziejuje lydėjo sovietmečiu jame kalintas Kauno arkivyskupas emeritas Sigitas Tamkevičius, kurį popiežius po metų paskyrė kardinolu, Vilniaus arkivyskupas Gintaras Grušas ir Eugenijus Peikštenis, Muziejaus direktorius.
„Šioje vietoje, kuri mena tiek daug kentėjusių dėl smurto ir neapykantos ir kurie paaukojo savo gyvenimus dėl laisvės ir teisingumo, meldžiausi, kad visagalis Dievas visuomet suteiktų Lietuvos žmonėms savo susitaikinimo ir taikos malones“.
Popiežius taip pat lankėsi vienuoliktoje celėje, kurioje per didžiąsias sovietų represijas buvo uždaryta daugelis žymių Lietuvos gyventojų, kovotojų, rezistentų, Bažnyčios vyskupų, kunigų ir pasauliečių, kurie iš ten daugiau nebeišėjo gyvi.
Iš viso keturi Lietuvos vyskupai tardymo laikotarpiu buvo uždaryti KGB kalėjimo vienuoliktoje celėje: pal. Teofilius Matulionis, Mečislovas Reinys, Vincentas Borisevičius ir Pranciškus Ramanauskas.
Telšių vyskupas Vincentas Borisevičius, nuteistas mirtimi už tariamą išdavystę, buvo nužudytas 1946 lapkričio 18 dieną. Telšių vyskupija, nustačius Vilniaus KGB kalėjimo kapinėse Tuskulėnuose bendrame kape palaidoto vyskupo Borisevičiaus palaikų tapatybę, juos perlaidojo Telšių katedroje. Su vyskupu Borisevičiumi tą pačią dieną KGB rūmuose įvykdytas mirties nuosprendis kun. Pranui Gustaičiui, jo palaikai iš Tuskulėnų parvežti ir iškilmingai perlaidoti Viešvienuose, Švč. Trejybės bažnyčios šventoriuje (Telšių aps.).
Vienuoliktosios celės kambaryje ant sienos pakabinti portretai joje kalėjusių keturių vyskupų, įskaitant Vilniaus arkivyskupo Mečislovo Reinio. Nuteistas Vilniuje, buvo išvežtas kalėjimo bausmei į garsųjį Vladimiro kalėjimą europinėje Rusijoje, iš kurio ganytojas nebesugrįžo, mirė Vladimiro kalėjime 1953 metų lapkričio 8 dieną. Jo nepažymėta kapo vieta Vladimiro kapinėse ligi šiol neatrasta.
Popiežius pažvelgė ir į vyskupo Pranciškaus Ramanausko portretą. Telšių ganytojas dešimties metų kalėjimo bausmę atliko įvairiuose sovietiniuose kalėjimuose, įskaitant Oršoje (Baltarusijoje), Karagandoje ir Komyje. Atlikęs bausmę, vyskupas Ramanauskas sugrįžo į Lietuvą 1957 vasarą, tačiau toliau buvo represuojamas, jam neleista eiti ganytojo pareigų Telšiuose, jis nesavo noru apgyvendintas Švėkšnoje, kur mirė dėl sunkios ligos 1959 spalio 15d.
Iš keturių Sovietų Sąjungos KGB kalėjime Vilniuje kalintų vyskupų trims pradėtos jų beatifikacijos ir kanonizacijos bylos, išskyrus vyskupui Pranciškui Ramanauskui, palaidotam Telšių katedros kriptoje prie pirmojo Telšių vyskupo Justino Staugaičio.
Popiežius rugsėjo 23 dieną Kaune Lietuvos dvasininkams ir vienuoliams sakė, kad žiūrėdamas į juos, už jų regi daugybę kankinių, nežinomų, bevardžių. Popiežius išsakė konkretų prašymą, kad Bažnyčia atmintų savo kankinius: „Neužmirškite jų. Atminkime savo kankinius, jie – šventieji!“ – sakė popiežius Pranciškus.
Grįžęs iš apaštališkosios kelionės į Lietuvą, Latviją ir Estiją popiežius Pranciškus Romoje pasidalijo kelionės įspūdžiais, trečiadienio rugsėjo 26-sios bendrojoje audiencijoje sakė: „Šios tautos daug iškentėjo, dėl to Viešpats į jas maloningai žvelgia. Esu tuo įsitikinęs“.
„Mano misija buvo naujai skelbti toms tautoms Evangelijos džiaugsmą ir švelnumo, gailestingumo revoliuciją, nes vien pati laisvė, be meilės, nesuteikia gyvenimui prasmės ir pilnatvės. Reikia meilės, kurią mums dovanoja Dievas. Evangelija, kuri priespaudos metais duoda jėgų ir palaiko kovą už laisvę, laisvės metais suteikia šviesos kasdieninei žmonių kelionei“, sakė Pranciškus.
Jis padėkojo trijų valstybių vadovams ir vyriausybėms už svetingą priėmimą; taip pat vyskupams ir visiems kas prisidėjo prie pasirengimų.
„Kreipdamasis į trijų šalių vadovus akcentavau indėlį, kuriuo šios šalys praturtina visą valstybių bendruomenę ir ypač Europą, sakė popiežius. Tai indėlis žmogiškųjų ir visuomeninių vertybių, užgrūdintų bandymuose. Drąsinau dialogą tarp senosios kartos ir jaunimo, kad šaknų atminimas darytų vaisingą ateitį. Raginau laisvę visada derinti su solidarumu ir svetingumu, taip, kaip tradiciškai šiuose kraštuose visada buvo daroma“. Popiežius atskirai paminėjo savo susitikimus su katalikų jaunimu Vilniuje ir su pagyvenusiais žmonėmis Rygoje.
„Trejose Mišiose – Lietuvoje Kaune, Latvijoje Agluonoje ir Estijoje Taline – tose šalyse keliaujanti šventoji Dievo tauta pakartojo savąjį „taip“ Kristui, mūsų vilčiai; pakartojo drauge su Marija, Motina visų savo vaikų, ypač kenčiančiųjų; pakartojo kaip išrinktoji, kunigiškoji, šventoji tauta, kurios širdyse Dievas žadina krikšto malonę“, sakė popiežius. Kreipdamasis į trečiadienio bendrosios audiencijos dalyvius jis juos pakvietė melstis už brolius ir seseris Lietuvoje, Latvijoje ir Estijoje. (JM / SAK / Vatican News)